・書類の提出方法
お店を管轄する保健所の担当窓口に書類を提出します。
郵送申請ができる知る限りではありません。電子申請もできません。
つまり面倒ですが必ず窓口に書類を持って行かなければなりません。

営業許可申請書、営業設備の大要、平面図、見取図が必要です。必要な部数は保健所によって異なりますので、全てコピーして2部持って行くとよいです。申請に際しては所定の手数料(16,000円~19,000円程度)がかかります。
・飲食店営業許可を取るために必要な期間
保健所に飲食店営業許可の申請をした後、1週間以内に保健所の担当が、お店の設備などが要件に適合しているか検査に来ます。
この日程は、申請者と保健所担当者の間で調整しますので、申請翌日に来てもらえる場合もありますし、2週間先なんてこともありますので、オープン予定日が決まっているときは余裕をもって申請するのが無難です。
店舗の検査で問題がなかった場合、検査当日から営業してもよいという保健所もありますし、検査日から一週間後経ったら営業してよいとする保健所もありますので、事前に保健所に確認しておくことをお勧めします。
検査に合格すると営業許可証の引換証を渡されますので、営業許可証ができあがる予定日を過ぎたら引換証を持って保健所に行くと営業許可証をもらえます。
実際には予定日よりも早く許可証ができていることも多いので、早く許可証が欲しいときには電話で確認をしてみるとよいです。
営業許可の申請前にも、事前に保健所と打ち合わせすることも考えると、遅くともオープン予定日の2~3週間前から準備しておかないと、ギリギリのスケジュールになってしまうでしょう。
・許可を取ったあと
営業許可書が交付されたら、交付された営業許可証はお店の目立つところに掲示しましょう。
営業許可には期限があり、期限が切れる1か月前までに保健所で更新の手続きをする必要があるので注意してください。
また、営業者の名前や住所が変わった場合、お店の名前やお店の設備の一部変わった場合、食品衛生責任者が変更になった場合などにはその旨の届出が別途必要となります。
なお、お店を譲渡したりして、お店の営業者が変更になる場合やお店を増改築するような場合、お店が移転するような場合には、飲食店営業許可を新たに取得し直す必要があります。
・罰則
食品衛生法に違反した場合の主な罰則は以下のとおりです。
3年以下の懲役又は300万円以下の罰金
(食品衛生法上の危害を除去するために必要な処置をとることの命令違反、無許可営業等)
2年以下の懲役または200万円以下の罰金
(食品に関する虚偽や誇大な表示、広告等)
1年以下の懲役または100万円以下の罰金
(営業許可基準もしくは営業許可期間に対する違反、知事の営業停止処分に対する違反等)
50万円以下の罰金
(厚生労働大臣等の検査等を拒み、妨げ、または忌避した者等)
以上がご自身で許可の手続きをする場合についてでした。
開業準備がお忙しい方の中には、これらの手続きを行政書士へ依頼することもお考えください。